
Auch der Papierauffangbehälter bedarf einer regelmäßigen Reinigung, denn die kleinen Papierschnipsel kleben statisch an dessen Innenwand. Auch dieser ist mit einem feuchten Tuch auszuwischen. Das Schneidwerk sollte nicht berücksichtigt werden, denn hierzu ist eine andere Reinigungsmethode wirksamer.
Bei Großgeräten in Unternehmen, die häufig beansprucht werden, ist der technische Kundendienst der jeweiligen Firma für die Wartung der Aktenvernichter der beste Ansprechpartner. Die Wartung des Großraum-Geräts sollte alle 6 bis 12 Monate erfolgen und speziell auf den Einsatz und das Gerät abgestimmt werden. Der technische Kundendienst wird sowohl das Gerät Außen, wie auch innen säubern und speziell das Schneidwerk wieder funktionstüchtig machen. Hierzu verwendet er spezielle Reinigungsmethoden. Sollte einmal ein Papierstau auftreten, den das Gerät nicht selber mit der Rücklauffunktion beseitigen kann oder Sie den Papierstau nicht beheben können, ist der Kundendienst ebenfalls zu rufen.
Bei den meisten Geräten, besonders bei den hochwertigen Aktenvernichtern, liegt bei der Gebrauchsanweisung ein Gefahrenzettel bei.

Verwendet werden dürfen hierfür jedoch ausschließlich Schmierprodukte, die vom Hersteller des Aktenvernichters angegeben sind. Oft liegen dem Gerät einige Blatt eingeöltes Papier bei, welches idealerweise mehrmals vor und zurück durch das Gerät laufen sollte.
Zuletzt sollte dieser geölte Papierbogen geschreddert werden, denn dann ist das Schneidwerk optimal gefettet. Hat der Hersteller des Aktenvernichters ein solches Blatt nicht beigefügt, ist dieses oft optional erhältlich.
Effizient ist auch das Bepinseln oder Betropfen der Walzen mit dem zulässigen Schmiermittel, jedoch wenig komfortabel. In jedem Fall sind die Hinweise des Herstellers zu befolgen, denn ansonsten erlischt die Garantie.
Das am Häufigsten auftretende Problem mit einem Aktenvernichter bereitet der Papierstau. Dieser erfolgt nicht nur, wenn das Schneidwerk stumpf wird, sondern resultiert oft aus der fehlerhaften Handhabung des Geräts. Da die meisten Geräte mit einer maximalen Menge an Blättern über einen automatischen Einzug verfügen, sollte dies auch beachtet werden. Eine zu große Menge eingelegter Blätter führt unweigerlich zum Papierstau. Auch ein übervoller Auffangbehälter kann die Ursache sein. Dieser ist regelmäßig zu entleeren.

Es gibt auch Modellreihen mit einer Selbstreinigungsfunktion. Diese Geräte erhöhen die Lebenserwartung des Aktenvernichters, denn sie ölen das Schneidwerk selbstständig. Hierzu befindet sich im Gerät ein Öltank, der regelmäßig zu befüllen ist.
Das nächste Problem, warum der Aktenvernichter seinen Dienst verweigert, könnte eine Überhitzung sein. Der Hersteller gibt in der Regel eine maximale Betriebsdauer an. Diese Zeit des Vernichtens von Dokumenten oder Datenträgern ist in jedem Fall einzuhalten, auch wenn das Gerät auf Dauerbetrieb umschaltbar ist. Nach der angegebenen Zeit gebührt dem Aktenvernichter eine Abkühlungsphase, nach der er wieder einsatzfähig ist. Die Betriebs-, wie auch die Abkühlzeit variiert von Modell zu Modell und ist der Bedienungsanleitung zu entnehmen. Am besten sind Aktenvernichter mit einem Überhitzschutz, die sich nach der gewissen Zeit selber ausschalten.
Auch gibt es Geräte, die sich nach einer längeren Inaktivität selbsttätig ausschalten. Diese können bei der Nutzung aber wieder eingeschaltet werden. Diese Selbstabschaltung ist ein zusätzlicher Punkt zum Thema Sicherheit vor unbefugten Zugriff. Hochwertige Geräte verfügen über eine Fehlermeldung, wenn z. B. der Schneidkopf nach dem Einfetten nicht richtig eingesetzt wurde, der Auffangbehälter nicht richtig eingesetzt oder die Gerätetür nicht geschlossen wurde. Bei einer durchgebrannten Sicherung im Gerät ist in jedem Fall der technische Kundendienst zu rufen.